W Mazowieckim Ośrodku Doradztwa Rolniczego, zwanym dalej MODR Warszawa, wyodrębnia się 3 poziomy organizacyjne: wojewódzki, oddziałowy i terenowy. Za całokształt funkcjonowania MODR Warszawa odpowiada Dyrektor, który kieruje Wojewódzkim Ośrodkiem przy pomocy dwóch Zastępców, Głównego Księgowego, Dyrektorów Oddziałów  oraz kierowników komórek organizacyjnych. Organem opiniodawczo-doradczym Dyrektora MODR Warszawa jest Rada Społeczna Doradztwa Rolniczego.

Na szczeblu wojewódzkim funkcjonują następujące komórki organizacyjne:

• Dział Systemów Produkcji Rolnej, Standardów Jakościowych i Doświadczalnictwa
• Dział Przedsiębiorczości, Wiejskiego Gospodarstwa Domowego i Agroturystyki
• Dział Ekonomiki
• Dział Zastosowań Teleinformatyki
• Dział Metodyki Doradztwa, Szkoleń i Wydawnictw
• Dział Administracyjno-Gospodarczy
• Dział Księgowości
• Dział Kadr i Organizacji Pracy
• Stanowisko do Spraw Obsługi Prawnej
• Stanowisko do Spraw Bezpieczeństwa i Higieny Pracy
• Stanowisko do Spraw Zarządzania Jakością
• Stanowisko do Spraw Kontroli Wewnętrznej
• Audytor Wewnętrzny

Drugi poziom w strukturze organizacyjnej MODR Warszawa stanowią: Oddział Bielice, Oddział Ostrołęka, Oddział Płock, Oddział Poświętne, Oddział Radom i Oddział Siedlce. Zadaniem ich jest merytoryczne wsparcie doradców terenowych oraz pozyskiwanie najnowszej wiedzy i informacji dla prowadzonej działalności doradczej, a także nadzór merytoryczny nad realizacją zadań z zakresu doradztwa rolniczego.

W skład Oddziałów wchodzą:

zespoły doradcze:

• Systemów Produkcji Rolnej, Standardów Jakościowych i Doświadczalnictwa
• Przedsiębiorczości, Wiejskiego Gospodarstwa Domowego i Agroturystyki
• Ekonomiki
• Metodyki Doradztwa, Szkoleń i Wydawnictw

oraz zespoły:

• Księgowości
• Zastosowań Teleinformatyki
• Administracyjno-Gospodarczy

W ramach Oddziału Poświętne dodatkowo funkcjonuje zespół w postaci Centrum Edukacyjno-Konferencyjnego.

Terenowe Zespoły Doradcze stanowią trzeci poziom w strukturze MODR Warszawa. Nad ich pracą czuwa kierownik, który bezpośrednio podlega Dyrektorowi Oddziału. Jego zadaniem jest ustalanie priorytetów doradczych na terenie gmin i powiatu w konsultacji z administracją samorządową, współpraca z instytucjami na ich terenie, koordynacja i udział w opracowywaniu programów działalności i okresowych sprawozdań, zapewnianie w miarę możliwości finansowych odpowiednich warunków i środków technicznych do realizacji zadań.

Szeroko pojęte usługi doradcze świadczą wszyscy pracownicy MODR, ale za bezpośredni kontakt z rolnikiem odpowiedzialny jest doradca terenowy. W usługach tych priorytetowy charakter ma pomoc rolnikom w pozyskiwaniu środków finansowych z funduszy Unii Europejskiej, propagowanie programów wspierających rolnictwo i obszary wiejskie, wdrażanie i popularyzowanie zasady wzajemnej zgodności, upowszechnianie zasad Kodeksu Dobrej Praktyki Rolniczej i rolnictwa zrównoważonego, prowadzenie szkoleń dla rolników i mieszkańców obszarów wiejskich, prowadzenie książek rachunkowości rolnej FADN, propagowanie ekologicznych metod produkcji i ochrony środowiska.

Potwierdzeniem sprawnego zarządzania i działania w MODR Warszawa jest uzyskany certyfikat ISO-9001:2008